我国建成世界首个水稻基因索引数据库
2023-04-13 21:57:07 来源：科技日报
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记者12日从华中农业大学获悉，该校张建伟教授课题组联合国内外高校与科研团队，以代表亚洲稻群体结构的高质量基因组为对象，构建并全面分析基因组倒位图谱，建成了世界上首个基于同源基因簇的水稻泛基因组综合数据库——水稻基因索引数据库。相关研究成果发表在《自然·通讯》与《分子植物》。
亚洲栽培稻是世界一半人口的主食。预计2060年至2070年，世界人口数量将增加到约100亿，科研人员迫切需要培育产量高、营养丰富、绿色环保和气候适应性更强的新品种。
张建伟介绍，全球有约500万份水稻种质及其野生近缘种，这些资源的基因组变异中（单核苷酸多态性、插入缺失、倒位和易位等）蕴藏着品种改良的重要信息，对其开展基于泛基因组的多组学研究具有重要意义。
水稻基因索引数据库可为每个水稻基因建立一张“综合图文信息卡片”，实现不同功能和常用数据库之间的快速链接，记录包括OGI、基因通用名、序列、功能、表达等基本信息，并以可交互示意图展示该基因转录本结构、可变剪接事件、同源关系网络图和系统发育树等。
该平台能为用户提供丰富的模块和工具，方便研究人员对不同种质基因以及基因同源关系进行查询、分析和可视化，为全球水稻研究学者提供免费在线检索和分析服务。研究人员可以通过关键词、序列、同源关系等3种方式在数据库中进行搜索，并在微观和宏观尺度对种质间基因组共线性进行分析和可视化研究。
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